A six ans, Alain Bernard intègre le club d’Aubagne jusqu’à ses seize ans, puis rejoint le Cercle des nageurs de Marseille en 2000. Quatre ans plus tard, il remporte son premier titre européen en relais. Il enchaîne ensuite les championnats de France et d’Europe avant de débuter une vraie carrière professionnelle en 2007. 

Il bat alors le record de France du 100 mètres nage libre et participe aux championnats du monde à Melbourne. Il y remporte la médaille de bronze au relais français du 4 x 100 mètres. Il continue à battre des records jusqu’en 2008, année où il se fait remarquer au niveau international grâce à ses performances aux Jeux Olympiques de Pékin. Il y remporte la médaille d’or sur le 100 mètres nage libre, une première pour un français, et la médaille d’argent sur le relais 4x100m nage libre. 

En 2012, Alain Bernard participe pour la dernière fois aux championnats de France à Dunkerque, puis remporte la médaille d’or du relais 4×100 aux championnats d’Europe avant de remporter un titre supplémentaire aux Jeux Olympiques de Londres. Il met fin à sa carrière quelques semaines après la fin des jeux. En mars 2015, il participe au tournage d’une émission de téléréalité pour TF1 en Argentine, Drop-ed. Il échappe à un accident d’hélicoptère dans lequel les sportifs Florence Arthaud, Camille Muffat et Alexis Vastine trouvent la mort. 

Aujourd’hui consultant sportif, Alain est également conférencier en entreprise où il transmet les clefs de son succès sur de nombreux thèmes comme le dépassement de soi, la motivation, succès et échecs, le collectifs, …